爭議延燒超過百日，台大校長遴選案終於在4月27日出現結論，教育部駁回管中閔的當選資格，並要求台大重新進行遴選作業。消息一出引發許多討論，台大校長遴選會也在深夜發出聲明，直言教育部說法前後矛盾，更批評是「政治力介入」，未來此事將會「永留高教歷史」。
台大校長遴選員會的聲明中，先是提出按照教育部指示，「本會遴選委員不具有請求其他委員迴避之機制」，但教育部卻反過來「指控本會違反迴避原則而有行政瑕疵」，前後說法明顯矛盾，打臉教育部。
接著在文末批判教育部多次用「據報載」的公文要求台大回應，已經超出常理規範，且明顯政治力介入，導致台大校務延宕，影響大學自治，「所有記錄將在高教歷史上永遠留存。」
台大遴委會聲明全文如下：
臺大校長遴選委員會在遴選過程中，依法行事，克盡職責，戒慎遵守各項「迴避原則」及「利益衝突」規範，對於他人所加諸本委員會之「重大行政瑕疵」指控，完全無法接受，並深表遺憾。
根據《台大校長遴選委員會作業細則》第9條迴避規定，遴委會原訂草案為「⋯或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，或由本會委員主動提議，經本會議決後，解除委員職務」。經教育部發函指示，上述草案中的「或由本會委員主動提議」等字與規定不符應予刪除。
教育部之指示使本會遴選委員不具有請求其他委員迴避之機制，如今教育部指控本會違反迴避原則而有行政瑕疵，本會實不明白其道理何在？
本遴選委員會由21名委員組成，其中學校代表9名，校友代表及社會公正人士9名，其餘3名由教育部指派。本委員會自成立以來，共召開五次會議（其中第五次會議係於今年1月31日依教育部要求而加開）。其間依法完成「公開徵求接受推薦」、「舉辦公聽會」、「訪談候選人之相關人士」、「舉辦治校理念説明會」及「辦理候選人面談」，於1月5日經由兩輪投票，選出管中閔教授為校長當選人，並於1月31日加開之第五次會議中再次確認「遴選過程並無疑義」。
台大遴選委員會作業細則第九條規定如下:
「有下列情形之一者，經本會確認後，解除其職務：
(1).因故無法參與遴選作業。
(2).與候選人有配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係者。
(3).有學位論文指導之師生關係。
本會委員有前項不得擔任委員之事由而繼續擔任，或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，經本會議決後，解除委員職務。」
於遴選程序中，並無任何候選人向本會請求解除蔡明興委員之遴選委員職務，蔡明興委員亦不符合上述三種應當然解除職務之事由，因此蔡明興委員擔任遴選委員之資格並無問題。
教育部指派之3位遴選委員有充份之機會參與遴選過程並表達意見，足見遴選程序並無疑義。
教育部已逾越百日，遲不發聘，其間更多次以「據報載」之公文，要求本委員會回覆，超出正理常規。政治力介入拖延新校長上任，導致台大校務延宕，戕害大學自治，所有記錄將在高教歷史上永遠留存。
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