水庫對於台灣來說是非常重要的水資源，但是目前台灣各大水庫淤積嚴重，像是石門水庫淤積超過三分之一，曾文水庫淤積將近四成，水利署目前的策略，是利用防淤隧道加快排砂速度，目標是每年達到進砂量排砂量平衡，不過專家認為，這樣的策略只能治標，應該加強上游集水區的水土保持，並且從上游溪流的攔砂工程著手。學者也認為，這樣的整治工程牽涉到跨部會，行政院有必要站出來負責資源整合。
石門水庫排砂隧道利用泥沙自然沉澱的原理，從底部直接排出高濁度的泥水，可以看到水的顏色和普通洩洪的水質比起來混濁很多，但即使如此還是趕不上泥沙淤積的速度。水利署北水局養護課課長林弘毅表示，排砂隧道本身就能夠協助他們，在壩前將整個淤砂排除大概117萬方，未來的阿姆坪加上如果在計畫中的大灣坪，加起來大概有130萬方，就能夠讓石門水庫達到入砂平衡的出入平衡的一個狀態。
目前石門水庫一年進砂量大約342萬方，陸挖每年只能清理40萬方，抽泥每年可以清理50萬方，水力排沙一年可以帶走117萬方，預估110年阿姆坪防淤隧道完工，可以再增加64萬方排砂量，水利署正在評估興建大灣坪防淤隧道，預估可以有71萬方排砂量，這樣一來就可以達到砂石出入平衡。林弘毅指出，在石門水庫壩前的抽泥浚渫，事實上它也是必須要在下游的沉澱池做暫置，而暫置之後還是得把它清除。而每一方大概它的成本大概要一方500元左右，以水力排砂相對來講，它本身所排出去的泥砂，一方不用花費任何費用，甚至還能夠填補下游河道砂的問題。
同樣的作法也應用在曾文水庫，目前曾文水庫的防淤隧道已經在去年的11月底完工，可望為曾文水庫每年減少104萬方的泥沙淤積。水利署強調目前台灣環保意識高漲，新建水庫幾乎是不可能的任務，為了維持水資源，只能盡可能維持既有水庫的功能，但對於專家來說，水利署目前的策略只是治標無法治本。新北市土木公會理事長余烈表示，從數據上平衡其實一場大雨就超過了，所以那種平衡是一種假象。而師大環境教育所教授汪靜明也說，宏觀的作法一定是全部水土林，從上游中游下游一起的。
盤點全國十大水庫，淤積最嚴重的是霧社水庫，淤積量高達69.81%，烏山頭水庫也淤積將近一半，南化水庫和曾文水庫淤積都將近四成，北部的石門水庫淤積超過三分之一，也很嚴重。專家建議想要從根本解決，應該盡量把經費投資在水庫上游設施。余烈認為，上游的主要的溪有很多的小溪流，可以做很多層的攔砂壩，這樣的設施可以攔截上游，每一道的攔砂壩攔河堰花費的經費很少，但是可以做很多層。
不過想要做到水庫集水區整體的整治，並不是只有水利署就可以單獨完成。汪靜明說現在很希望有一個統合的單位，例如行政院出面處理是必要的，因為會橫跨到縣市政府。
專家強調，台灣因為缺乏水資源，水庫可以說是民生經濟命脈，要怎麼樣才能延續水庫的壽命，政府有必要盡早進行跨部會資源整合。
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