總統選舉倒數最後一天,陳水扁總統和呂秀蓮副總統,在台南進行掃街拜票時,在下午1點45分左右遭到槍擊,車隊馬上更改路線開往奇美醫院。根據總統府秘書長邱義仁轉述,呂秀蓮副總統在車隊經過台南市文賢路時,突然感到膝蓋很痛,陳水扁總統也覺得腹部濕濕的,兩人發覺受傷後,馬上轉往奇美醫院救治,隨行的3名總統醫療團隊成員也進駐,發現呂秀蓮副總統的右膝遭到子彈貫穿,再射到陳水扁總統的腹部,兩人傷勢無大礙,無生命危險,而且意識清楚,並透過邱義仁,呼籲所有支持者保持冷靜。