國親總統候選人連戰在落敗後，表示要提選舉無效訴訟。依據「總統副總統選舉罷免法」規定，如有一方對選舉結果不服，可提出「當選無效」及「選舉無效」訴訟，「當選無效」的訴對象為當選人，而「選舉無效」的訴訟對象則是選務機關，兩種訴訟的目的都是為了保全證物。
根據總統副總統選舉罷免法104條，如果對選舉結果不服，可提出「選舉無效」及「當選無效」的訴訟。
何謂選舉無效呢？中選會宣布多達33萬七千多張廢票，連戰質疑票數不實，可提出「選舉無效」，選舉無效的訴訟對象是選務機關，屬行政訴訟，所以連宋的律師向高等行政法院提行政訴訟。
何謂當選無效呢？連宋認為，當選人遭槍擊一案，疑點重重，真相不明，直接影響選舉人投票，連戰就可提出「當選無效」訴訟，當選無效的訴訟對象就是當選人，所以訴訟機關是高等法院。
不管是「當選無效」或「選舉無效」，目的都是訴訟証物保全，由法官裁定受理後，下轄到各地方法院立即查封票匭，然後，半年內法官必須做出裁決。但這半年，並不影響新任總統陳水扁行使職權。一旦勝訴，新任總統立即停止職權，行政院長暫代總統職務，由全民重新選出新任總統。
