大選結束後，軍方有新一波人事組織調整，其中最具影響性的編裝變革是在軍種司令部要新設「飛彈司令部」，預訂在後天4月1日掛牌。「飛彈司令部」首任司令由陸軍飛指部指揮官谷風泰少將接任，等同於原有的陸海空三軍位階，屬一級單位，亦有第四軍種之稱，這個軍種初期將納編陸海軍中的飛彈部隊，包括了愛國者、天弓、鷹式防空、雄風一、二型等飛彈。現階段的指揮系統仍歸空軍及或海軍指揮，未來聯合作戰則慢慢調整由飛彈司令部指揮編裝。
