日本琉球附近的領海在3天前遭到一艘不明國籍的潛水艇入侵，引發日本政府高度戒備。經過分析比對之後，日本防衛廳宣布這艘潛艇就是隸屬於中國大陸的漢級核子潛艇，日本外交部也立刻召來大陸公使，提出強烈抗議，要求中國大陸道歉說明。
3天前，一艘國籍不明的潛艇進入日本領海，並且以緩慢的速度蛇行前進，引發日本防衛廳高度警戒，還派出了自衛隊P3C偵察機，一路追蹤監視。日本官房長官細田博之：「綜合所收集到的資訊，分析之後的結果判斷該艘潛水艇隸屬於中國大陸海軍。」
從潛艇型號以及潛艇的最後航向，日本防衛廳確定這艘潛艇就是屬於中國大陸的漢級核子潛艇。日本首相小泉純一郎：「對於大陸潛艇入侵日本海域，我方感到相當遺憾，我們已向大陸提出正式抗議，並且等候他們的回應。」
日本外相約見大陸公使程永華，向中國大陸發出強烈抗議，要求立即道歉；不過大陸表示，因為還在調查中，因此無法立刻接受抗議。日本防衛廳判斷最近幾年來，大陸海軍不斷緊鄰著日本海域活動，除了巡視石油等天然資源外，也把東海、黃海當作大陸本土防衛的後盾，同時更有意藉此宣示，有能力以武力攻台。
另一方面，日本與中國大陸的關係，由於小泉參拜靖國神社的問題，使得兩國領袖互訪延宕了3年多，因此小泉有意藉著即將在智利登場的APEC亞太經合會與胡錦濤會談，修補日益緊張的兩國關係。
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