加熱菸在台灣有條件開放引發諸多爭議，國健署長吳昭軍卸任前通過14項加熱菸產品審查，被質疑是給菸商的離職大禮。針對此質疑，吳昭軍罕見動怒，強調人有道德底線，並表示加熱菸的審查通過並非由他一人決定。然而，醫師與民間團體對此表達擔憂，質疑審查辦法缺乏詳細罰則，且配套措施不完善，恐增加青少年吸菸人數。
台大醫院家醫主治醫師郭斐然對此表示，當初審查辦法就沒有明確罰則，只有通過與不通過的結果。他認為政府的態度實際上就是開放加熱菸，今年沒通過可能明年就會通過。即使有規定，也擔心把關不夠嚴格。
國教盟理事長王瀚陽質疑加味加熱菸未來可能添加的成分，以及相關配套措施是否完善。他質問國健署是站在國民健康的角度，還是站在菸商利益的角度。世界衛生組織指出，全球每四人就有一人死於菸害，而台灣估計有230萬名吸菸者，加熱菸的開放引發更多健康疑慮。
國健署菸害防制組組長羅素英表示，加熱菸何時能上市要看廠商的交件速度，若製程和組成分有改變，廠商就要重新提出指定菸品審查。她強調，即使加熱菸解禁並上市，旅客依舊不能從國外購買帶回自用，違規將被查扣和罰款。至於未來是否開放從國外攜帶入境、菸捐如何執行，以及販售地點等問題，仍需相關部門後續研議配套。
台北市已自行先行規定，高中以下學校周邊50公尺內，包含超商在內的地點都禁止販售加熱菸，違反規定將被開罰。加熱菸雖然首度通過審查準備上市，但實體配套措施不明確，管理方式仍備受質疑。
