由於海水內有弧菌及病毒，因此吃進沒熟的鮮蚵，就容易出現上吐下瀉，因此醫師就建議，烤蚵時，蚵殼打開後，最好多等一兩分鐘再食用，另外有些業者，也會在鮮蚵上岸後，清洗完就全程十度Ｃ以下保存，甚至使用防噴鐵板，避免蚵殼爆裂傷人。
客人：「應該...殼是白色的應該就可以吃了，它有微開。」
客人：「有打開就可以了，看起來生生的，但是火侯熟度夠了。」
鈞安婦幼聯合醫院院長林克臻：「過濾海水的一些浮游生物來獲取營養的，所以難免有一些，海水它如果說有一些污染，像是說有弧菌，或是說病毒的污染的話，可能它就會受到影響。」
專業的烤蚵業者，會先把外表沖洗乾淨，避免細菌病毒滋生，接著保存也得控制在三度到十度之間。
其他烤蚵業者呂先生：「都大概要三度到十度這樣，為什麼呢，因為要保持它的鮮度呀，也不能太冷，因為怕冷鮮蚵會死掉。」
另外鮮蚵打開後，還得等一兩分鐘，直到周圍湯汁收乾，才能將大多數的細菌病毒消滅。
其他烤蚵業者呂先生：「我都建議客人要多烤一下，烤到它完全乾一點這樣。」
客人：「它開了之後，再稍微等一會，就可以夾來吃了。」
客人：「有的時候水乾一點，可能就會吃了。」
另外夾生的蚵殼，跟最後要食用鮮蚵的筷子，要生熟食分開，避免混雜，甚至防止蚵殼爆裂，除了發現烤乾焦黑的蚵殼，就要手動撥開，有些業者還會加裝防護夾板避免噴濺，也確保烤蚵過程的安全，因此要開心大啖美食，從業者的保存到客人的正確觀念都很重要。
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