部分民眾為求清潔到位，刷完牙後會再以漱口水漱口，甚至有人會將兩者加在一起，認為效果會加倍。不過，專家就出面喊話，「千萬不要放在一起」，若將牙膏和漱口水一起使用，不僅不會更乾淨，還可能會造成產品變質，進而傷害口腔。
食藥署解釋，牙膏、漱口水成分多，個別產品配方設計時，會依照產品的性質、配方等因素適量添加防腐劑避免產品變質；兩種不同的產品倒在一起使用，混和後的配方與原產品設計以不相同，可能會造成產品品質改變，增加微生物增生，使用時反而會造成口腔傷害。
此外，牙科醫師黃文龍也曾提醒，每天使用漱口水反而可能導致口腔情況惡化，會更傷牙！他並指出，漱口水只要每周使用1～2次即可，而每次在口中停留30秒就夠了。
天天使用漱口水可能產生以下刺激口腔黏膜、改變口腔菌叢生態，並造成牙齒染色、改變味覺等問題：
1.刺激口腔黏膜：漱口水若有添加酒精成分殺菌，容易刺激口腔黏膜。建議使用不含酒精成分的漱口水比較溫和安全。
2.改變菌叢生態：過度使用漱口水會使口中菌叢不平衡，口腔內細菌的生態系改變後，反而會讓壞菌增生更快。
含Chlorhexidine可能染色、改變味覺
3.牙齒染色：部分漱口水成分添加有Chlorhexidine，長期使用可能會造成牙齒、舌頭染色。
4.改變味覺：有些漱口水對味覺比較刺激，特別是含有Chlorhexidine的漱口水，可能有導致味覺改變的風險。
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