衛福部疾管署提供高端疫苗保護效益分析資料遭質疑，剛好又高端通過食藥署EUA審查，外界也懷疑是不是疾管署帶頭做保護力報告？對此衛福部長薛瑞元今（7）日回應，疾管署不是幫高端做保護力報告，是因為現在已經進入次世代疫苗階段，所以對於單價疫苗要做一個統整，剛好高端審查委員會要審查，才提供報告讓委員研判。至於陳時中昨晚遭台北市議員徐巧芯指控說伸出鹹豬手，薛瑞元僅說，「這樣的問題問我不適合。」
高端疫苗3日通過專家會議審查，指揮中心隔日即公布全民疫苗保護力報告，由於報告引用疫苗接種、感染通報等官方資料，遭外界質疑疾管署幫高端「趕作業」。對此衛福部長薛瑞元今（7）日出席立法院衛環委員會備詢，會前接受媒體訪問時表示，疾管署不是幫高端做保護力報告，是因為現在已經進入次世代疫苗階段，所以對於單價疫苗要做一個統整。把這些資料整理好，可以了解各個不同疫苗，了解保護效力各是怎麼樣，並不是針對高端，是對各個疫苗做真實世界資料分析。
薛瑞元表示，只是高端審查委員會要做保護效力審查，而剛好有這個資料所以要提出給審查委員會參考，當然需要各種報告綜合做研判。薛瑞元強調，其他國家也會針對他們國內各種不同疫苗做不同分析。至於是不是沒打高端的人不能監督高端？薛瑞元表示，沒打高端在批評高端，有打高端出來講好處都被批評，現在好像有點是非有點亂掉。
至於民進黨台北市長參選人陳時中昨（6）晚遭到國民黨台北市議員徐巧芯曝光聚餐照並諷刺他「鹹豬手」，外界稱指揮中心是「偷情指揮中心」，對此薛瑞元僅回應「這種問題來問我一點都不適合。」
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