卡玫基帶來的驚人雨量，也讓台鐵在上午宣布西部幹線全部停駛，只有區間車正常運作；另外南迴鐵路早上台東往高雄也一度停駛，後來到9點左右才恢復正常.許多旅客到了車站才發現火車無法行駛，只能無奈地坐在車站裡頭等待。
台北車站放眼望去一整排取消發車的訊息， 因為部份路段鐵軌嚴重積水，西部幹線列車根本無法通行。台鐵台北站長：「受到卡玫基颱風影響，西部幹線很多路段都有積水，我們會視積水的情況、消退的情況，來隨時機動復駛。」
西部幹線上午停駛，讓搭車的民眾不知所措，只好在車站裡無奈等待。旅客：「我是到這邊才知道。」記者：「到這邊才知道，那現在怎麼辦？」旅客：「就看看，等一下。」
雖然對號列車停駛，區間車倒是正常運作，不過早上中壢站附近因為電線被吹斷，區間車也只能單線雙向行駛，上午除了西部幹線停駛，南迴鐵路也一度因為雨勢過大暫時停駛，站務人員頻頻跟旅客解釋。站務人員：「等退的時候，他就會跟你們退。」旅客：「台南可以吧，到高雄。」
從台東南下雖然受到影響，但是北上的列車是正常運行，還好受影響的旅客沒有預計的多，大部分車站沒有出現塞爆的人潮，而在高鐵部份，也為了行駛的安全緣故，從早上10點到下午3點會取消所有台北板橋直達台中跟高雄左營的車班次。
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