4月公費流感疫苗預訂截止，疾管署跟去年叫的數量，差不多都是600萬劑，但醫界認為，政府沒有把新冠肺炎，在秋冬捲土重來納入考量，甚至衛服部長陳時中，還在開打當天示範接種，導致民眾一窩蜂搶打疫苗，因此台大、榮總都停止接種公費疫苗，8大醫學中心的自費疫苗庫存，有些只剩下一半。
不只公費疫苗，到貨量不足，第一線醫護人員，接種的人只有三分之一，更別說50到64歲，暫緩施打以來，八大醫學中心，每天自費的需求，增加一成，導致三總疫苗缺短，台大採預約制，這些醫院的自費疫苗庫存，只剩一半。
北醫胸腔內科主任周百謙：「這次少訂但是因為大家的恐慌心理，一些首次施打族首打族的出現，都使得忽然之間，流感疫苗供不應求。」
專家認為，全世界都在搶流感疫苗，恐怕很難追加數量，醫界普遍認為，疫苗總量跟去年叫一樣，是有檢討空間，但不應該像這樣。
衛福部長陳時中，顯然錯估形勢，鼓勵大家接種，而沒做好分流，事實上每年的公費疫苗數量，大致相同，都抓600萬劑，跟去年同期相比，開打15天以來，今年破330萬劑，2019年只有264萬多劑，甚至去年叫的量，到今年2月還有剩，但疫苗之亂引發民怨，行政院長蘇貞昌再次向民眾道歉。
行政院長蘇貞昌：「因為當初沒有先把這個分配，這個次序節奏弄好，這一點確實我們在做法上，比較沒有周到，實在很對不起。」
希望道歉止血，但根據綠營人士透漏，50到64歲暫緩施打，是15日這通電話，公衛專家出身的高雄市長陳其邁，打給蘇貞昌，坦言中央施打不分流，地方壓力大，因此17日政策急轉彎，是否真有此事，陳其邁回得很含蓄。
高雄市長陳其邁：「中央是經過專家會議做的一個決定，那我們高雄市一開始就一直在做宣導，優先這四大高風險族群優先施打。」
加上19日國內新增5例境外移入，顯示國外疫情依舊嚴峻，但沒有把新冠肺炎，在秋冬捲土重來的風險，納入考量，前疾管局長蘇益仁說，今年4到5月，曾經呼籲政府，要再追加，因為民眾恐慌心理去搶打疫苗，是能預知的未來。
指揮中心應變組副組長羅一鈞：「其他族群(接種)達標甚至超標，但是幼兒這邊反而是遠遠落後，這樣的話對我們整體防疫，會製造一個破口，當然我們都會虛心檢討，會來納入我們下一個年度，接種計畫的檢討跟參考。」
但蘇益仁也坦言，萬一疾管署叫的疫苗，最後打不完，容易被監察院盯上，政府的兩難，這場疫苗之亂，最後由人民承擔。
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