為了勉勵照顧新冠肺炎的醫護人員，指揮中心曾宣布比照SARS期間，醫師和護理師每天都有一萬元津貼，但醫護人員卻發現，現在補助津貼竟變成多位醫護人員共分的情況，引發醫護不滿，指揮官陳時中表示，費用是依據每個病人被照顧的需求基礎來算，但如果是「單價太低」可以再談。
醫護站出來抨擊在防疫艱難時刻，站在最前線，說好的補貼到頭來卻變了樣，過去2003年SARS期間，每名醫師可以領1萬元的津貼，醫護5千元，但現在卻變成3到4名的醫護要均分這1萬元。
胸腔科醫師何建輝：「有限定一名醫師去做請領，以及一名護理師去做請領，所以表示我即使我派了兩位到四位的醫師去做專責照護，我也只有一個醫師以及護理師可以去做請領。」
等於一人只能領到4分之1的獎勵金，原因在於一名醫師不可能一人值7天班，或是連值24小時加護病房，一定是多位醫護共同照顧一位病患，卻變成均分制，工會更說指揮中心在3/6表示，第一線醫護每天每人可以領1萬的津貼，但衛福部4/24公告中提到，是醫師每日新台幣1萬元，護理人員每班1萬元的字樣，並不是每人。
醫事司司長石崇良：「它是以一個病房區，一個病房區來申請的，不是整個醫院，用合計湊齊的方式，相較於SARS期間給的津貼是有超過。」
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中：「我們計算的方式並不用供給面來做計算，我們一般是用是服務面來算，有這麼多的病人需要被照顧，我們就付這麼多的錢，你要很多人去看(照顧)，我也是付這樣的錢。」
指揮中心回應不會因為1名患者有10名醫師照護，就付10名醫生的錢，是依患者的照護需求來看，也強調從以前到現在就都是同樣的算法，但如果醫護認為單價太低還是可以談，顯然中央和實際照護人員對於津貼該怎麼給有明顯落差。
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