武漢肺炎疫情升溫，基於防疫優先，陸委會宣布，經中央流行疫情指揮中心討論後，將自109年2月10日起暫停小三通客船往來事宜，並由陸委會辦理後續報院程序。
陸委會說明，此為第2次因應防疫需要，暫停小三通客船往來。依據「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第32條規定，試辦期間，如有危害國家利益、安全之虞或其他重大事由時，得由行政院以命令終止一部或全部之實施。92年因應SARS疫情蔓延，政府即曾暫時關閉金馬小三通客船往來。
因應新型冠狀病毒肺炎疫情升高，政府持續強化入境管制。2月4日疫情中心決議「入境前14天曾停靠中港澳地區港口的郵輪，不得停靠我國港口。」金馬小三通客運航線前雖已採取減班措施，惟據內政部移民署初步統計，2月1日至5日，金門小三通平均每日入境數約425人次、馬祖28人次，主要為經小三通中轉之國人。為強化防疫，疫情中心決議暫停小三通客船往來，視疫情狀況再評估復航。
《TVBS》提醒您：
因應武漢肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，
如有疑似症狀，請撥打：1922專線，或 0800-001922，
並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
＊疾管署提醒民眾謹記「一不三要」戴口罩原則：
「一不」：開放空間不用戴口罩
「三要」：慢性疾病患者、有呼吸道症狀者、進出醫院者要戴口罩
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