抗生素可以殺死體內細菌，包括腸道的好菌和壞菌，在服用抗生素時，很多人擔心腸道好菌被殺光，也有些人因腸道菌生態被破壞而腹瀉，這時候到底該不該補充益生菌？醫師表示，就治療指引來說，其實不建議吃抗生素同時服用益生菌，但在臨床經驗上，益生菌有助改善急性腸胃炎，不論是腹瀉天數、整體健康程度等都有好處。建議吃抗生素時若有腹瀉情況，可選擇老廠牌、有口碑的益生菌。
抗生素影響腸道菌生態 恐讓壞菌坐大引起偽膜性腸炎
吃抗生素同時吃益生菌 可降低腹瀉發生率
很多人好奇如果一邊吃抗生素、一邊吃益生菌，派一些好菌進去，在腸道菌生態不平衡的時候，讓乖乖牌的細菌鎮守，應該會有不錯的效果？以實證醫學來說，Cochrane的系統性回顧往往是證據等級最高，有一錘定讞的效果。2017年 Cochrane第N次發表抗生素相關偽膜性腸炎，吃益生菌是有效的報告。不論成人或是小孩，在總數接近一萬人的臨床試驗分析中，有效下降發生率，結論寫的非常清楚，益生菌安全，並顯著的下降偽膜性腸炎的發生機率。
不過，美國感染醫學會與消化系醫學會在隨後的治療指引，卻明確反對常規的使用益生菌來預防偽膜性腸炎。雖然益生菌對於急性腸胃炎的效果也被眾多的臨床試驗證實，不論是腹瀉的天數，整體健康程度等，都有好處，但是實證醫學與治療指引卻背道而馳。同樣的狀況下，治療指引仍然不建議常規使用益生菌。
林穎正表示，其中最主要的反對理由，就是現有的臨床試驗菌株不同，學會的專家認為不可以把不同菌株一起統合分析。簡單的來說，專家認為分析方法學就錯了。
哪一種益生菌有用？
臨床上，醫師仍然常常使用益生菌治療急性腸胃炎。林穎正說，就像他女兒第一次吃到抗生素的時候，腹瀉嚴重，他也是趕緊讓女兒吃益生菌，與抗生素併用。對於治療指引反對常規使用，他認為，目前哪一個廠牌的益生菌有效，證據力都不足夠，而且市場非常複雜，廠牌、菌株琳瑯滿目，學會的治療指引必須要保守、謹慎。不過與其開立其他的胃藥、腸藥，益生菌顯得非常安全就是一大優勢，建議選擇益生菌可以挑老牌子、有口碑、或是有臨床試驗的產品，較為安全。
原文請見：吃抗生素能吃益生菌嗎？服用抗生素腹瀉，吃益生菌改善？醫：有這症狀再吃
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