受到新冠疫情等諸多因素影響，兩岸小三通航運已經暫停近3年時間，在金馬民眾不斷呼籲陳情下，雙邊政府終於同意在農曆春節前復航。《央視新聞》報導，往返金門和廈門之間的航線，7日正式恢復運作，首日復航有80名金門居民搭船從廈門返家；至於另一條從福州往返馬祖的航線，則將在8日恢復運作。
從2020年2月10日停航至今，為了農曆春節重啟小三通，第一階段採取「專案」方式，從1月7日到2月6日、只限戶籍設在金馬和大陸配偶可搭乘，美一天往返金門廈門的渡船限一艘。每天上午10時由金門或廈門碼頭出發，抵達對岸後中午12時返回，每艘客輪載客不超過300人。
至於馬祖地區的小三通航線，8日重新恢復通航之後，與金廈航線一樣採取專案管制，陸客和台商無法藉由小三通中轉到第三地，由於對岸疫情依然嚴重，為確保防疫人力能正常運作，才會在春節前後以專案方式，限制使用人數。
隨著農曆春節即將來臨，除了部份恢復小三通，目前兩岸之間只剩下北京、上海、廈門、成都4處航點、每星期29個直航班次，也讓人好奇，今年過年前是否會如先前一樣，增開不同城市的直飛包機，或是因為疫情而維持現有限制。
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