日本各重災區的大型避難所和醫院，在重建過程中，不少問題陸續浮現。當大量民眾聚集在避難所，傳染病和血栓情形層出不窮，醫師得隨時密切監控，並且不定期作集體健康檢查；部分核災區域的大型醫院，不僅停電沒辦法運作，連重症病患要撤離，入住其他縣市的醫院時，還得先接受輻射檢查，體力已經相當虛弱，還要接受仔細的輻射掃描，對復原無疑雪上加霜。
位在日本福島的大型避難所，民眾戴著口罩，集體進行身體檢查，民眾排隊等待的同時，醫生就在旁邊，教導如何原地做運動，避難常見的各種疾病，包括因為趴躺容易造成的血栓、發燒、嘔吐等症狀，醫師都在密切監控中。
檢查醫師：「因為大家都是在很多東西中間，找到一個空位休息，因此很容易就有我們所稱，經濟艙症候群(血栓)。」
有的地方運作良好，不過，像這座位在宮城石捲的醫院，海嘯來臨時被無情吞噬，建築物殘破不堪，只有天花板的畫作完好無缺，地面上還可以看見鞋子、手機散落一地。
CNN記者Gary：「這裡應是災難發生時的救難中心，但現在卻變成一場災難，看看這個大廳變得這麼殘破，畫作還保存良好，是因為它在11尺的水平面上。」
其他還有部分醫院停電不能運作，重症病患必須後撤才能繼續接受治療，只是身體都已經在極大痛苦中，入住其他醫院前，還要先做輻射檢查，無疑也是體力耗費。一連串的災後挑戰，和人體生命安全密切相關的醫療環節，同樣艱難複雜。
