教育部27日晚間確定「拔管」，並認定台大校長當選人管中閔和遴選委員蔡明興，有利益未迴避疑慮，要求台大校長遴委會重新選舉。對此，管中閔今（28日）打破沉默在臉書寫下長文，痛批這是臺灣大學自治歷程中的重大挫敗，但他不會在龐大壓力和威脅恐嚇下放棄或低頭，強調「我們必將贏回大學自治」。
管中閔表示，教育部否定了臺大遴委會合法選出的新任校長資格，也無視遴委會針對遴選結果做出的「毫無疑義」的決議，更漠視臺大臨時校務會議對於質疑遴選過程提案所做的「擱置」決議，「這是臺灣爭取大學自治歷程中的重大挫敗，教育部的這項決定也將因違法踐踏大學自治而被載入史冊。」
管爺指出，這3個多月來，特定媒體對他個人無所不用其極的抹黑，企圖用不實指控毀滅其人格與尊嚴，而面對一波波的攻擊，自己雖然大多沈默以對，但沈默不代表默認，清白也不能由他口述，所以才選擇讓校方證明謠言的錯誤，「我相信臺大過去的老校長們，也絕不屑於與污衊他們的人互擲泥巴，互噴口水，甚至相互扭打。」
他也提到，雖然自己因此身心俱疲，但他知道不能因為龐大壓力而放棄，更不能在威脅恐嚇下低頭，「我若放棄，多年來學界前輩們努力爭取的大學自治就將成為泡影；我一旦低頭，社會或許就此萬馬齊喑，重新墜入威權的深淵。所以我的堅持從來不是為了校長這個職位，而是為了大學自治得以延續」，並強調「我們必將贏回大學自治」。
以下為管中閔臉書全文：
我們必將贏回大學自治
2018 年 4 月 27 日是臺灣高等教育的一個轉折點，臺灣大學的校史，以及中華民國的歷史，都將記下這個日子。
就在這一天，教育部否定了臺灣大學校長遴選委員會於今年 1 月 5 日合法選出的新任校長資格，既無視 1 月 31 日遴選委員會針對校長遴選結果所做「毫無疑義」的決議，更漠視 3 月 24 日臺大臨時校務會議對於質疑遴選過程的提案所做「擱置」的決議。這是臺灣爭取大學自治歷程中的重大挫敗，教育部的這項決定也將因違法踐踏大學自治而被載入史冊。
從 1 月 10 日臺大函請教育部聘任新校長開始，在長達 107 天的期間內，教育部在行政上荒腔走板，令人駭異。教育部配合部分媒體，一再以「據報載」為理由（最近一次甚至列出高達 49 項傳言），反覆質疑臺大的遴選程序與結果。教育部既不願採納臺大的調查結果，以及第三方的正式函覆說明，反而羅織罪名來否定臺大合法的遴選結果；如今更自居司法官，未審即判定校長當選人有「違法」事證。教育部種種作為，能不「外慚清議，內疚神明」嗎？
過去三個多月，為了阻止教育部發聘，各種對我個人無所不用其極的抹黑，鋪天蓋地的襲來。這些不實指控不僅企圖毀滅我的人格與尊嚴，更在學界與社會塑造了恐懼的氛圍，使許多人對這種不公義的現象噤若寒蟬。面對一波波的媒體攻擊，我多數時候沈默以對。但沈默不代表默認，清白也不能由自己口述；我選擇的是讓校方的調查與事實證明謠言的錯誤。我相信臺大過去的老校長們，也絕不屑於與污衊他們的人互擲泥巴，互噴口水，甚至相互扭打。
有學校老師問我，在面對持續數月的毀滅式攻擊時，我是否曾經感到害怕？Yes, “most terribly”，我的確因此而身心俱疲。但我也知道不能因為龐大壓力而放棄，更不能在威脅恐嚇下低頭。我若放棄，多年來學界前輩們努力爭取的大學自治就將成為泡影；我一旦低頭，社會或許就此萬馬齊喑，重新墜入威權的深淵。所以我的堅持從來不是為了校長這個職位，而是為了大學自治得以延續，以及臺灣曾經信仰的公義和正直能夠伸張。
政府的權力或許可以阻礙學校的決定，但不能改變我們捍衛大學自治與學術自由的決心；政府或許可以恣意濫用權力於一時，但終將無法逃過人民和歷史的審判。
我們必將贏回大學自治，臺灣大學也將因此屹立不搖。
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