全台灣最大的曾文水庫因為八八風災，淤積嚴重，不只今年春耕被迫休耕，民生用水也會受到影響，目前水利署在曾文水庫清淤，1年最多可以清除1百萬噸，要清完得花1百多年的時間，馬總統今年前往巡視之後，他說如果不找替代水源，南部缺水恐怕會成為常態。
曾文水庫在八八風災過後，淤積面積接近2億平方公尺，消失的水量達到一座烏山頭水庫，水利署在曾文水庫取水口架起工作站，由工作人員下 水清淤，1年可清掉1百萬噸的泥沙。
總統馬英九：「這問題非常嚴重，會變成搶水問題顧慮，不是很輕鬆的問題，清汙，可能需要好幾百年時間，在這種情況之下，在開源節流前堤下，尋找它的水源，有沒有其它方式？」
台南縣長蘇煥智：「對後續的搶救，整個曾文水庫和南化水庫，才能在專責單位，避免部會協調在時間的浪費。」
台南縣議長吳健保：「八八水災到現在，我們馬上要休耕，很多事是可以做，而沒有去做的。」
馬總統說，缺水已經變成長期得面臨的問題，要水利署盡快找出在地的替代水源，總統也只能繼續呼籲民眾「有水當思無水之苦」。
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