台北市長選舉扯出，台大醫院402專戶沒有依照勸募條例，規定將資料報給上級機關教育部，涉嫌違法，不過柯文哲強調台大帳戶不歸他管，他不清楚，不過402專戶已經用20多年，怎麼會在選舉時才說有問題，不應該懷疑台大，而402專戶到底屬於學術研究？還是公益勸募？應不應該受勸募條例規範，衛福部認為帳戶進出都應該依據預算法、審計法的規定。
台北市長選舉扯出，台大醫院作業基金402專戶多年來沒有上報備查，違反勸募條例。
立委賴士葆VS.審計長林慶隆：「要查捐的錢，是不是有的不能捐，第二個我要怎麼用，年底的時候全部公開，請問台大402有沒有做到這事情，過去抽查資料發現，他沒有依照勸募條例規定。」
根據審計部資料，402專戶從80年代成立以來，到102年結餘達10.67億，其中8億是研究項目，1.85億是社福項目，專戶資金來源是民間捐款，捐款者可以指定做為不同用途，像是社會救助、研究經費或是從事臨床實驗，而公益勸募條例在95年通過，依規定，各級政府機關基於公益目的接受外界捐款，就應該在年度結束後2個月內向上級機關備查，立委賴士葆提出質疑，認為402專戶應該受到勸募條例規範，向教育部函報備查。
台北市長參選人柯文哲：「那個不是我主管的事情，細節我不清楚，不要為了一時選舉，把整個台灣醫學研究都搞垮。」
台北市長參選人柯文哲捍衛台大，認為不該因為選舉而懷疑台大，對於外界質疑，台大只強調還在了解，不過有台大人認為，這帳戶主要是因應資金存管需要而設立，由財政部核准，主要學術研究沒有主動對外募款。不過衛福部認為，帳戶的錢從哪裡來、用在哪裡，還是應該依預算法及審計法相關規定，至於是不是公益捐款，主管機關教育部應該盡速釐清。
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