陳總統下令徹查高捷案，被列為清查對象之一的前高雄市長吳敦義立刻表達歡迎，但是國民黨主席馬英九則認為由高雄代理市長葉菊蘭來調查，可能會有人情包袱。國親黨團更質疑，葉菊蘭曾經擔任交通部長，和高捷弊案有一定程度關聯。
總統要撤查高捷案，國民黨主席馬英九雖然表態贊同，但是由葉菊蘭來主導，馬英九卻有點保留。
國民黨主席馬英九：「現任市長去調查前任市長，他能夠調查到什麼程度，恐怕要先加以界定，因為即使是市長他的調查權還是非常有限。謝前市長現在是貴為行政院院長，你要想高雄市長來調查的話，難免還是會有一些顧忌。」
馬英九說的比較客氣，國親兩黨黨團話說得可就重了。
親民黨立委張顯耀：「 葉菊蘭當時擔任交通部長，編列這麼龐大的預算補助高捷，他要不要負責監督不周行政疏失。」
國民黨立委黃昭順：「我要請陳水扁跟謝長廷兩個人，都給我立正站好，他們都是嫌疑人，我們今天一定要給司法一個清靜可以查案的空間。」
雖然藍軍內部對葉菊蘭主導的行政調查，反應欠佳，但被列為調查對象的前高雄市長吳敦義，馬上表達熱烈的期盼。
吳敦義一副要查趕快查的態度，藍軍更希望五大弊案揭弊小組，能夠獲得立法院同意，盡快成立，要查，就查個徹底。國民黨立委吳敦義：「我歡迎陳水扁交代葉菊蘭（查案），其實不要只交代葉菊蘭，我覺得他應該再次請檢調機關，司法機關還有不要阻撓立法院查。」
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