檢方查出陳敏賢涉嫌利用基金會，進出多筆巨額的資金，懷疑涉及洗錢，不但約談他，還大規模搜索基金會，帶走帳冊等相關資料。事實上，陳敏賢不但身兼4個基金會的董事長，其中2個基金會，都有上千萬，甚至上億的財產，資金出入更是複雜。
檢方大規模搜索陳敏賢旗下的基金會，主要是從他的帳戶清查�發現，陳敏賢的基金會資金不但進出頻繁，金額更是從數百萬到數千萬以上。
高雄地檢署襄閱主任檢察官鍾忠孝：「他的基金會確實有大筆資金在進出，至於資金進出是否跟本案（高捷弊案）有關，我們承辦檢察官也希望他出面來說明。」
陳敏賢身兼4個文教基金會的董事長，其中東南文化基金會成立於民國60年，基金會名下的財產，就高達3億7千多萬；另一個福康文教基金會，民國86年成立，也有2600萬的財產。
兩個基金會資金進出的數目讓檢方懷疑，不過以東南文教基金會來說，主管機關卻是在2年前才開始紀錄到基金會贊助舉辦的活動。高市教育局四科股長張瓊月：「東南文化基金會在90年度的時候，評鑑的結果是待改進。」
從贊助的對象中也不難發現，陳敏賢似乎對中華藝校情有獨鍾，小到連學校科系個別舉辦的活動，幾乎都能拿到基金會的贊助。
問題是從這幾個活動中，實在很難看出有千萬資金進出的必要，財力雄厚的基金會，又能迴避稅務單位的查核，是不是在洗錢，正是檢調強烈懷疑的目標。
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