檢方偵辦台開案，起訴趙建銘等人，厚達54頁的起訴書中，掌握多項人證物證，其中最關鍵的就是，轉為汙點證人蔡清文的證詞，而趙建銘在偵辦過程當中，一開始否認到底，還測謊未過，直到檢方傳喚蔡清文等人對質，才坦承部分內容，以及確實有本「教戰手冊」模擬出庭應訊。
檢察官起訴趙建銘，起訴書厚達54頁，滿滿的都是檢調從洗錢防制中心、北機組，約談相關證人所得到的最後結果。
起訴書內容措辭嚴厲，檢方在具體求刑部分寫著，趙建銘身為第一家庭成員，卻不思潔身自愛，而被告趙玉柱為教育人士，卻與趙建銘共同利用權勢獲取暴利，嚴重破壞金融秩序，所以具體求刑趙建銘8年，趙玉柱10年，2人各併科罰金3000萬，沒收不法所得。
不過，針對藥商回扣等案，檢方在起訴書內陳述，生寶公司請趙建銘作為公司臍帶血之商業代言，是為求同業競爭，所以屬於正常商業行為，而國票金控介入案，經過偵訊林全陳沖等人，認定國票金控經營權，併非趙建銘一人能掌握，也沒有趙建銘介入之事實，不能因為趙玉柱向耐斯集團借款3千萬，推論趙建銘瀆職罪嫌。
另外，在藥商回扣部份，僅能證實趙建銘的確借用人頭帳戶使用，台大醫療採購也不是趙建銘可以做主，因此也不能認定趙建銘涉案。不過，趙建銘在代言費以及回扣案中，涉及逃漏稅，以及醫師法部分，因為與犯罪事實無關，因此起訴書上寫著，應該由相關單位主管機關，依其權責處理，所以一併簽結。
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