有媒體報導，陳總統因為機要費案、在接受偵訊時曾表示，部分費用也用來資助流亡美國的大陸民運人士王丹。對於陳總統的說辭，今天王丹在接受本台電話訪問時表示，自己從來不過問資金來源，但是，他會設法釐清這筆被指為來自國務機要費的捐款。
大陸民運人士王丹，預定訪台前夕，無端捲入陳總統涉嫌貪瀆的風波，總統接受偵訊時明確表示，部分款項的用途，包括資助王丹以及進行秘密外交跟其他的外交工作，對於這項說法，王丹表示，他的募款機構遍布歐美港等地，至於捐款來源並不清楚。大陸民運人士王丹：「來源現在說是來自國務機要費，這個情況我並不了解，可能需要再找相關募款人作一些了解。」
當記者問到，王丹對國務機要費風暴的看法時，他保持低調，指稱這是台灣內政問題。王丹：「這是台灣內部的問題，我作為大陸人，我想沒有可評價的餘地。」
98年流亡美國的王丹，依然在海外致力大陸的民主運動，3年前，他曾經應邀參加民進黨中常會，04年也傳出，他主動跟民進黨高層接觸，表示願意協助大陸情報蒐集，以換取資金援助，雖然事後雙方都否認，但是這次陳總統機密外交事件，又扯上這位民運人士，王丹表示很無奈，不過，他訪台的行程，將不會受到這起事件影響。
