檢察官陳瑞仁起訴國務機要費案，陳總統很不以為然，開砲大罵陳瑞仁不守信用，陳總統特別提到，當初偵訊過程，陳瑞仁保證會保密，沒想到在出爐的起訴書中，把所有的重要機密證人通通曝光，讓他感到非常錯愕。
口口聲聲說尊重司法，但是一講到承辦檢察官陳瑞仁，陳總統就有一肚子氣。總統陳水扁：「陳瑞仁說資料會封存，永遠不會打開，甚至這些人也不會曝光，結果今天大家看到起訴書，很多外交工作很多人名都寫在裡面，怎麼保密？如何保密用猜也猜得到。」
講到激動處，還批評起訴書內容，不合邏輯。陳水扁：「還好我還有很多沒說，要不然如果我通通說出來，大家都寫在起訴書裡，還上網，難道這是為外交利益在作事情，為了國家利益作思考，當然我尊重司法，尊重檢察官職權起訴需要，但當時說為了保密封存，說不要讓他們曝光，結果全部通通白紙黑字。」
更氣的是，陳總統認為，很多問題，陳瑞仁根本沒有給他們說明的機會。陳水扁：「如果說真的我們有貪污，1480萬這麼大的事情，你說甲君案沒有這回事，那些錢用到哪裡去了？是不是也應該問一下當事人、被告，讓他們有辯解的機會。」
陳總統左一句抱怨，右一句痛罵，千錯萬錯都是陳瑞仁的錯，起訴書沒有保密，害得秘密外交全部曝光。
