陳水扁總統昨天痛批陳瑞仁不給被告人權，甚至把機密外交工作公開寫在起訴書上，檢察官陳瑞仁表示，早就給第一家庭80天時間來說明，在戳破謊言之後，只會問被告認不認罪，沒有給被告辯駁，重編證詞的必要，陳瑞仁同時強調，外交機密筆錄都分開封存，檢方絕對沒有洩密。
本來辦完世紀大案要先休假再說的陳瑞仁，卻是從假日就待在查黑金中心裡，全程觀看陳水扁總統1個多小時的談話，陳瑞仁說，該說的都已經說了，再講下去只怕會加深對立。檢察官陳瑞仁：「不要再製造對立了，這個案子就已經告一段落了嘛，我知道，你們可以休息一下了啦！」
陳總統批評沒給被告辯解機會就起訴，陳瑞仁說，從10月中旬就已經聯繫府方，夫人都以身體不適拖延，在戳破謊言後，只問認不認罪，如果還找被告來，不是等於要讓對方圓謊？陳水扁質疑，「忽略被告人權！」陳瑞仁回應，「從10月中旬就已聯繫府方，夫人均以身體不適拖延，已給第一家庭80天說明機會，戳破謊言後，只問，認不認罪！」
被批評洩密，陳瑞仁也解釋，秘密外交筆錄是分開封存，人名沒寫進起訴書裡，法院審理時，也會提醒法官注意，檢方並沒有洩密。陳水扁質疑，「檢察官洩密！」陳瑞仁回應，「秘密外交證詞分開封存，人名、案由亦沒曝光，法院審理時，也會提醒法官，檢方絕無洩密！」
至於檢察官懂不懂總統外交的艱難辛苦，陳瑞仁不置可否，看完電視，感嘆總統還是沒交代清楚1千4百萬花到那裡去，他說尊重總統的說法，一切等以後交給法官裁決。陳水扁質疑，「檢察官不懂外交？！」陳瑞仁回應，「總統仍未交代1480萬元金錢流向！尊重總統說法，將來到審判庭上交由法官裁決。」
陳瑞仁回應，「總統在外交上，面臨的困難，為國家利益至上的堅持，檢察官充分了解絕對尊重，但檢察官的偵查工作，也有原則和堅持，用法律思考，不用政治思考！」
11月5日傍晚，陳瑞仁在檢改會論壇中寫道，在這黑暗時刻，我們更加懷念光明磊落之人！短短幾句話，說明對陳定南的尊敬，至於在陳瑞仁心中的黑暗時刻，是否已經雨過天青，看來只有他心裡明白。
