2000年，前中研院長李遠哲公開挺扁，就在他表態之後，當年的史研所所長，就是現任教育部長杜正勝，就寫了一篇文章，要研究員連署挺扁，TVBS獨家取得這份文件，中研院士透露，杜正勝為了幫陳水扁拉票，還請司機到他們的研究室一一敲門。
大大的標題寫著「拒絕沉淪，迎向上昇」，2000年李遠哲通公開挺扁，3天之後，當年的史研所所長杜正勝，寫下這篇文章呼籲大家支持陳水扁。中研院史研所研究員：「杜正勝所長，他先是召集一個緊急所務會議，後來他就要他的司機敲門，要我們簽(連署書)。」
史研所研究員說，杜正勝不但以所長的身分，召開會議要大家支持李遠哲的做法，還請司機，到研究室一一敲門，要大家連署，文章中寫著，唯有國民黨下台，政府才能發揮效能，要大家一起力挺李院長支持的候選人，而假使陳水扁當選，絕不會怠忽知識份子的天職。
最後還親筆寫下手稿，呼籲若贊同李院長的看法請大家簽名，比對字跡，喜歡寫書法的杜正勝，字體向來隨性，又帶著狂草的奔放，和連署書中的字跡風格有點接近，但一聽到記者要詢問此事，教育部先是找來警衛阻擋記者直接拿文件給部長室秘書，又強調杜正勝的字體，筆跡應該比較重，最後以部長忙著批閱公文為由，不願回應。
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