台北市政府質疑，馬英九特別費捐款的匯款單從蔡瑞月基金會流出，會有這樣的聯想，因為從政治立場來看，蔡瑞月基金會的確一向跟綠營比較友好，反倒是和馬市府曾經發生過不少的摩擦。
是蔡瑞月基金會的人，將馬市長特別費捐款透露給民進黨立委嗎？如果要說藍綠關係，著名舞蹈家蔡瑞月，出身台南，日本習舞，早期還因為白色恐怖入獄，外界的確總把蔡瑞月的政治立場跟綠營連結在一起。
2千年水蓮配電視廣告，打出相信女性主軸，其中一幕就是以女舞蹈家蔡瑞月作主角，而去年蔡瑞月病逝澳洲，骨灰送回台灣，陳總統和當時的行政院長謝長廷還特別出席蔡瑞月告別式，甚至當時治喪委員會主委，就是管碧玲，而她先生許陽明，也是蔡瑞月文化基金會董事。
至於和藍營的關係，外界最直接會想到，1999年蔡瑞月舞蹈社發生大火，重建過程讓馬市府和蔡瑞月基金會有了摩擦，而市定古蹟「蔡瑞月舞蹈研究社」委託經營管理招標弊案疑雲，更讓馬市府和舞蹈社的爭端浮上檯面。
這次馬英九捐出特別費，消息卻從管碧玲口中先對外透露，難怪台北市政府會懷疑得到50萬捐款的蔡瑞月基金會頭上。
