我國拒絕聖火過境，主要是因為繞境路線，被我方認為，是刻意安排將台灣混淆成大陸的一部份。還有綠營立委質疑，大陸選擇過境的城市，都是過去歷史上的藩屬國，大陸根本是想藉機宣揚大中國的思想。
大陸官方，宣佈聖火過境台灣，馬上遭到政府悍然拒絕，因為我方認為路線規劃，大有問題。原本聖火從平壤，過境台灣，再到胡志明市，最後轉進香港，在地理相對位置上，是比較合理的路線規劃，不過大陸公佈的版本，卻是從平壤直接到胡志明市，再繞回台灣，接著轉進香港，被我方認為在路線上，刻意混淆台灣主權地位。
另外也有綠營立委認為，聖火路線充滿大中國的帝王主義，例如北韓的平壤，是從前的朝鮮；越南舊稱安南，也曾向中國朝貢，而台灣更是從三國時代就有文獻，記載往來。
民進黨立委鄭運鵬：「這次2008的中國奧運，其實也一樣，它在路線規劃上，當然是要在東亞這個地方，宣揚它過去的光榮歷史，跟它未來的政治企圖，不要說台灣沒辦法接受，如果它還有對韓國、對越南，對這些鄰近國家，有從屬的想像的話，其實那些國家也不是很爽啦！」
拒絕聖火過境，不僅引起軒然大波，在政壇，各種的陰謀論，現在也紛紛出爐。
