內閣改組重頭戲，主管兩岸事務的海基會跟陸委會同時換將，消息一傳出來，讓大陸方面，從官員、媒體到涉台學者，都感到驚訝；他們普遍認為，新任陸委會主委王郁琦經驗不足，對於馬總統下的這一步棋，大陸方面有點摸不著頭緒，只能先等著瞧。
兩岸事務內閣大換血，年僅43歲的王郁琦接掌陸委會，海基會董事長則是由很多人沒聽過的林中森接任，大陸涉台學者的第一反應是，看不懂。北大台研院客座教授陳毓鈞：「王郁琦換賴幸媛，北京更是感到非常地驚訝，特別是在兩岸關係方面，他是那麼的資淺，專業度是那麼的低。」
相對於學者直言，另一種說法，則是隨著兩岸經貿談判告一段落，海基會的階段性任務已經達成，現在兩岸關係已經由易變難、由淺變深，因此，馬總統才會派自己的心腹王郁琦，擔任兩岸協調者的角色。
北京台協會會長林清發：「如果王郁琦是總統府的發言人，就是直接由馬總統來…，後面來操作。」
台商樂觀期待，但立委諸公們說話，可就沒那麼客氣。立委丁守中：「王郁琦10多年前，當過我的法案助理，他是一個非常好的幕僚。」
立委蔡振元：「王郁琦出任陸委會主委，讓很多人暈倒，包括我在裡面，王郁琦說他會開飛機，我們期待這樣的金系子弟兵，掌控國安外交兩岸的關係，不要到時候搞飛機。」
馬總統出招，連台灣自己人都看不清門道，大陸方面更是摸不著頭緒；有大陸學者表示，現在大陸方面，對海陸兩會新掌門人的態度，只能是不積極、等著瞧。
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