呂副總統、民進黨主席游錫堃，和國安會秘書長陳唐山，3人遭到起訴，理由大致雷同，檢方認定3人核銷國務機要費跟特別費時，需要單據的部分，因為領據不足，命令下屬或親友蒐集發票，涉及偽造文書，以及利用職務之便詐取財務罪嫌，予以起訴。
從被舉發到檢方調查，歷經整整一年，呂副總統、民進黨主席游錫堃，和國安會秘書長陳唐山，3人都被檢方起訴。
翻開呂副總統起訴書，檢方認為，國務機要費和特別費，需要單據核銷的部分，因為領據不足，呂副總統命令辦公室秘書、貼身隨扈等人，蒐集發票，協助核銷，而且大多發票都是私人消費，一共1005張，總金額合計563萬元；其中，呂副總統涉及偽造文書罪，以及利用職務機會詐取財務罪。
游錫堃和陳唐山被起訴的理由，和狀況也大致雷同；游錫堃金額是2百多萬，陳唐山是11萬元；檢方定罪關鍵，在於3人都是下令他人蒐集發票，藉以詐取不法之得，最後決定將3人予以起訴。
