陳菊確定勝訴，總統陳水扁也在傍晚做出回應，表示感謝司法，其中陳水扁還以「過來人」的身分表示，也為了選舉無效之訴，耗費了社會許多的資源，所幸，最後司法都還了他們清白。
陳水扁：「感謝司法還給陳菊清白，當然選舉訴訟是他們的權利，但如果因為選後輸贏不多，而找出各種理由，不管是當選無效或選舉無效的訴訟，都想利用這樣的這樣的訴訟過程來翻盤，這樣實在耗費是社會成本太多。
我過去也曾有相同的經驗，我也是受害者、過來人，2004總統大選雖贏的不多，但所謂的『民主』，就算是贏一票，也是贏，當時司法訴訟進行1年6個月多，雖然2次的官司都還我清白，我都贏，但台灣民主付出很大的代價。
同樣的，雖然高雄選舉贏的不多，但也算是贏，不過即使全面驗票還是贏了，應該暫告一段落，但我們還是尊重候選人的權利。」
