馬英九特別費案高院二審判決無罪，其中最關鍵的原因是，合議庭法官認為用領據請領的特別費，屬於首長的「實質補貼」，不多退不少補，而且行之有年變成行政慣例，而法官也同時採納了馬英九的大水庫說法，認為他擔任市長期間，一共捐贈5150萬，比請領的特別費1530萬要多出很多，因此沒有犯罪意圖。
馬英九二審獲判無罪，最主要是的原因是合議庭法官認定，特別費有這項基礎觀念。高等法院發言人溫耀源：「領據列報部分，採取定額統籌概算型，費用之概念，排除支出證明單之適用，以首長領據即可核銷費用，且容許該領據特別費，部分款項可以現金支票領取，或逕匯入私人帳戶。」
雖然領據請領的特別費，是實質補貼，但不多退也不少補，法官還旁徵博引4種類似情況，例如公務員強制休假補助費用，同樣不需要實報實銷，何況馬英9每個月平均收入有25萬，足以負擔每個月給妻子周美青20萬的費用，也同時採納馬英九提出的大水庫原理。
溫耀源：「被告馬英九擔任台北市長期間，所為符合因公支出之，公益公務捐贈之總金額共達，51,503,199元，遠超過其餘同時期所領取之，領據特別費總金額，15,304,300元，足以證明無貪得任何不法財物。」
法官認定馬英九沒有主觀犯意，自然不構成背信和侵占罪嫌，至於檢方提出，馬英九用特別費認養馬小九的部分，則退回檢方另行偵辦。
