馬太鞍溪堰塞湖溢流事件造成至少14人罹難，中央與地方政府間責任歸屬問題引發爭議。中央質疑花蓮縣府未落實居民撤離，行政院長卓榮泰要求詳查撤離不完全原因，總統也強調曾多次對花蓮提出預警。然而，國民黨立委傅崐萁反駁指出，花蓮縣長徐榛蔚從21日起就已著手聯繫，且撤離行動皆依照中央指示進行，雙方各執一詞，爭議持續延燒。
副總統蕭美琴在災情發生後立即趕赴花蓮災區勘災，並進入收容所聽取災民心聲。蕭美琴表示，總統特別指示國軍運用手上的大型機具全力協助救災工作。同時，總統在社群媒體上發文指出，中央相關單位曾多次對花蓮提出預警，要求把握黃金時間並以最高標準規劃撤離計畫。
行政院長卓榮泰則在社群媒體發文，要求詳查為何沒有完全撤離居民的原因。立委沈伯洋更直言，目前發生意外的地區全部都在強制疏散範圍內，質疑縣政府的作為。目前罹難者最多的佛祖街位於大同村，而大同村正是農業部在22日上午7點要求撤離的村落之一，然而部分居民表示從未收到撤離通知。
立委王世堅認為，徐榛蔚縣長和傅崐萁委員應該對此事件負起責任，地方政府應勇於承擔責任而非尋找開脫理由。然而，傅崐萁為縣長辯護表示，徐榛蔚從星期日就開始聯繫，星期一即坐鎮指揮撤離工作，主責單位光復鄉公所也協助撤離，而垂直撤離則是依照行政院三種撤離方式中的其中一種進行。
此外，傅崐萁也針對綠營立委吳思瑤聲稱他出席災變會議是為代理出國的徐榛蔚一事表達不滿，認為這樣的指控不妥。傅崐萁批評綠營側翼的言論，並指出在他與卓榮泰同台的23日，徐榛蔚已提前返國。這場災難不僅造成人命傷亡，也引發了政治層面的爭議與責任歸屬的討論。
