台灣時間9日下午15時04分，中國大陸發射之衛星飛越南部上空，國家級警報大響四次。對此，民眾黨總統候選人柯文哲認為行政院跟國防部要去協調系統等等，例如國防部接到情報是怎麼傳到行政院等，要檢討SOP，至於這次突然有警報是否跟選舉有關？柯直言「也不希望把人家想很壞，不過從1996到現在，每次中共都扮演豬隊友，我也覺得奇怪。」
柯文哲下午至台南車掃，被問到有沒有發現警報簡訊，他表示因為掃街，手機是秘書在拿，所以不知道，自己認為這要檢討SOP，國防部接到情報是怎麼傳到行政院，過程當中一定有聯繫上的問題，另外若台灣、中國有熱線，大家事先有照會，不會這樣很奇怪，更舉美國跟蘇聯在核子大戰、冷戰最嚴重時也有熱線，所以這種情況下台灣跟大陸也要建立熱線關係。
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至於行政院長陳建仁口誤稱是飛彈，柯表示不要把人家想那麼壞，認為應是國防部傳傳傳，傳到行政院那sop有問題，因為通常長官平常也沒辦法自己接電話，特別是在質詢台怎麼接手機，應該是有幕僚隨時作業，然後訊息進來直接跟陳建仁講情況怎樣，所以是制度還沒做很好。
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不過中共先前就多次發射過衛星，媒體追問這次突然有警報，是不是跟選舉接近有關？柯則回應不希望把人家想很壞，什麼都陰謀論，不過從1996到現在，每次中共都扮演豬隊友角色，自己也覺得很奇怪，當然也不可能說這期間衛星都故意不發射，「我倒覺得反正雙方都在過招，民進黨也要利用大陸動作，國民黨希望說趕快動員台商回來」，強調台灣終究還是要想辦法自主，怎麼能獨立自主去運作這很不容易。
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