楊念祖因為被爆料「抄襲」，請辭國防部長，但這文章其實是研究員廖文忠所寫，由當時任職高等政策研究協會秘書長的楊念祖掛名發表，楊念祖長年拿軍情局費用做研究，有什麼秘密，軍情局最了解，現在的軍情局長湯家坤，曾經是高華柱的辦公室主任，楊念祖在高華柱因為洪案丟官之後被爆料，格外引人聯想。
一本「決戰時刻」，讓楊念祖辭去國防部長，因為2007年掛名主編的這本書，遭爆料抄襲，但涉及抄襲的文章，其實不是出自楊念祖之手。
TVBS記者鍾沛君：「作者廖文中是高等政策協會的研究員，但他同時也是情報員，發表文章或是研究成果，都不能用真名，因此找上當時的秘書長楊念祖，掛名發表。」
廖文中當時是軍情局二處上校，楊念祖任職的高等政策研究會，正是軍情局的外圍組織，楊念祖拿補助，做了哪些研究，有什麼機密，軍情局最清楚，楊念祖被爆料之際，現任軍情局長是他。
高華柱寄予厚望的眼神，親手授階，晉任中將的湯家坤，曾經是高華柱辦公室主任，高華柱因洪案丟官，是不是子弟兵替他出手，對照楊念祖臨去感言，格外有想像空間。前國防部長楊念祖(102.8.6)：「我希望我們的朋友，跟我們的朋友一定要記住『沒有遠慮、必有近憂』。」
國防部澄清，軍情局授意爆料是無中生有，並非事實，但楊念祖一辭職，國防部急急將他短短6天任期內發布的新聞稿，通通加上「前」字，相較之下，8月1日卸任的金管會主委陳裕璋，官網上還是稱呼他為主委，同一天交棒的還有工程會主委陳振川，就算卸任，任內發出的新聞稿，也沒被加上「前任」字眼，唯獨國防部精實動作，想和楊念祖撇清關係，不言可喻。
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