前國防部長楊念祖下台，傳出其實內情不單純，有說法指出其實楊念祖的下台，是軍方要給馬總統難堪，因為馬總統任職的這幾年，持續的刪減軍人福利，加上洪仲丘事件，又由一個沒有軍隊背景的楊念祖接任國防部長，因為行事中立，讓軍方認為沒有力挺自己人，才是真正壓垮楊念祖的最後主因。
前國防部長楊念祖請辭下台，真的就只因為一篇抄襲的論文嗎？國民黨立委林郁方：「發生戰爭的時候，你們會勇往直前，有充分的授權可以使用武器，有沒有？」前國防副部長楊念祖：「有。」
廣大興案舉國憤慨，時任國防部副部長的楊念祖，被立委當成箭靶，但當時論文剽竊的傳聞，早就甚囂塵上，怎麼3年多來都沒有引咎辭官，難道有黑幕？資深軍事記者林弘展：「(軍中)有互鬥跟人事鬥爭的成分在。」
文人出身的楊念祖，沒有任何派系，傳出前國防部長高華柱下台，馬總統的第一人選並非是他，但身為副部長，接任理所當然，不過洪仲丘案，就算替國防部擋子彈，但卻抵擋不住軍中的壓力。
總統馬英九：「這個炸彈在我任期屆滿前，是不會爆炸的。」
過去馬總統，一再刪減軍人福利，傳聞軍中早就心存不滿，這次又換上沒有軍隊背景的楊念祖接任，不只沒替軍方一吐怨氣，倒又讓軍方地位更矮了一截，在內部雜音不斷，外部難題又無法立即解決的情況下，楊念祖成了犧牲品。
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