儘管國民黨鋪排好藍白合的計畫與期程，但內部隱憂也跟著浮現，黨中央與侯營不同調。一位侯競辦人士向本刊透露，據他了解，黨中央與侯營目前尚未就「侯柯配」或「柯侯配」進行討論，「尤其，就侯與競辦執行長金溥聰的立場，要侯擔任副手幾乎不可能。」因此，黨中央與侯競辦應先取得共識，「與柯營合作的底線究竟是什麼？」
該人士進一步指出，藍白合不僅要釐清誰當總統、誰當副手，雙方一旦確定攜手合作，屆時競選團隊如何重組與磨合？由哪一方握有主導權？以及不分區立委提名名單又該如何分配？這三大問題是非常現實且無可迴避的議題，「考量時間有限，黨中央跟侯競辦應盡快坐下來協調，以防內部喬不攏，再次上演一人一把號、各吹各的調的老問題，重創藍軍士氣。」
對此，藍營輔選人士告訴本刊，目前侯營確實還沒有跟柯營「喊牌」的資格，黨內有人認為，侯當柯副手，不只政黨票可能掉到第三，連下屆總統大選最大在野黨的優勢都守不住，這也是黨內有人認為寧可再輸一次，也不能賣掉祖產，至於侯營跟黨中央如何抉擇，觀察指標就是金溥聰是否從侯營決策圈退場，由黨中央接手選務。
另一位中常委則表示，就連民眾黨人士私下都曾透過管道向國民黨探聽，「藍白合到底要跟朱談，還是找侯談？」由此可看出即便藍營對外算盤打得再精，對內終究還是無法避免失算的可能。
藍白兩大陣營也都不諱言，郭台銘是以相互毀滅、保送賴清德，當成是非綠必須合作的訴求，另一觀察指標是，若郭正式展開連署，支持度卻撐不住二位數，愈選愈消風，尤其是對柯的衝擊逐漸變小，淪為攪局的人後，藍白合自然不必把郭納入談判對象。
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