洪仲丘案爆發，國防部長高華柱屢傳倦勤，但根據TVBS最新民調顯示，3成1民眾認為高華柱應該下台，4成7認為不應該，反而有6成7的民眾不滿意馬總統的處理！目前接任部長人選呼聲最高之一的，就是國防部副部長楊念祖，他歷練3年的軍政副部長，資歷經驗人脈都充足，更是馬政府文人部長的首選，也深獲軍系立委肯定，認為只差在楊念祖個人意願。
總統馬英九(102.7.24)：「向仲丘家屬以及國人，鄭重道歉。」
洪案爆發，馬總統跟國防部長高華柱輪番道歉，高華柱更是屢傳請辭，但根據TVBS最新民調顯示，只有3成1民眾認為部長應該下台負責，4成7認為沒必要，反而有6成7的民眾認為馬總統處理洪案，讓人不滿意，滿意度只有1成5，高華柱請辭待命，接任人選，呼聲最高之一包括他。國防部副部長楊念祖(102.7.20)：「向所有的朋友道歉。」
3萬人包圍國防部，民怨狂燒緊繃，楊念祖登上指揮車，展現柔軟身段，到了晚上，成大晚會，被群眾丟花，沒吭聲，就連犀利難擋的在野黨立委團到部隊勘查禁閉室，也是楊念祖全程陪同，總統起初都堅持全案由軍檢偵辦，楊念祖獻策，總統堅持才見轉圜。
國防部副部長楊念祖(102.7.24)：「我們辦案的效果，沒有取信於民，所以我們必須自己檢討。」
洪家質疑涉案旅長都是高華柱人馬，傳出府方借重楊念祖，多少能平衡洪案發展，他當了近3年的軍政副部長，也當過國防部國防報告書諮詢委員，更在國防部高級戰略研究班擔任講座，資歷人脈都備受肯定。軍系資深立委林郁方：「這陣子他也很努力，很吃苦，也算是不錯的人選，但要看他自己有沒有這個意願。」
但就是3年深入國防部，讓楊念祖深深體會部長難當，會不會扶正？高層安排跟他的意願，都是關鍵。
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