洪仲丘案讓國防部成了眾矢之的，馬總統指派的文人副部長楊念祖，專長是危機處理，怎麼會讓這把火延燒至今？楊念祖接受TVBS獨家專訪，坦言外界不信賴軍檢辦案是最大癥結，當今之計是由下而上改革，「服從不是接受各種虐待，而是保護自己」，找尋禁閉室的替代方案，也是改革評估方向。
國防部副部長楊念祖：「這是椎心之痛，晴天霹靂！」
「同理心」是國防部副部長楊念祖面對家屬的三字訣，洪仲丘喪命讓國防部成眾矢之的，由馬總統親自任命的副部長，專長「危機處理」的楊念祖上陣，怎麼一連21天，家屬的不滿、質疑，沒有平息。國防部副部長楊念祖：「大家都說軍檢自己辦案是『黑箱作業』，我們辦案的效果沒有取信於人，這是我們必須自己檢討的。」
楊念祖決定出手，要替國防部止血。國防部副部長楊念祖：「我在部內成立因應的小組，桃園地檢署、新竹地檢署，在我們的邀請之下，跟我們合作(證物勘驗)。」
治了標也得治本，禁閉室悲劇顯示部屬盲目服從長官的軍中文化。國防部副部長楊念祖：「服從不是你要接受各種虐待，不是這個意思，服從是你要保護自己，先保護自己，你才能服從，操到後來發生問題，你這個操有意義嗎？」
楊念祖要改革，當然不能只喊口號，必須內化成一種概念，當然包括出包的禁閉室。國防部副部長楊念祖：「不是把管理的方法貼在黑板上，大家就隨自己高興去管理，這是不對的，(禁閉室)還有沒有其他替代方法，也是我們這次談改革，去朝這方向評估的地方。」
楊念祖坦言洪仲丘案重創國防部形象，連帶影響募兵制推動，重建信任，是國防部查真相之外的另一課題。
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