法官問：「你論文怎麼寫的？」 林智堅有些遲疑説：「啊我都在新竹和台北兩個地方寫的呀！」 法官又問：「那你到底怎麼寫的？」 林智堅看了一旁的委任律説：「我，我都在研究室寫的啦！」 聽完林智堅在庭上和法官的這段簡短對話後，很多人都笑到噴飯；甚至笑到從椅子摔下來。
相信他的律師還有他的恩師明通大師，聽了這段對話，説不定，私底下還會搖頭嘆息，氣到抓狂！林智堅擔任新竹市長二屆8年，新竹市還被某些媒體評鑑爲「五星級城市」。但是，聽完他和法官的對話後，很多人都會相信，「林智堅説新竹有生產矽，所以台積電才會在新竹設厰啦！」這句話真的是他説的。
林智堅被美麗島電子報董事長吳子嘉公開批評説，「他是草包」。結果林智堅一狀告向法院，控告吳子嘉涉嫌誹謗罪。吳子嘉日前聽完這段對話後，想必也要樂的大笑了，「草包果然如假包換」。 林智堅的論文抄襲案，其實不只是台大國發所一件，該件已遭台大學倫會認定抄襲取消碩士學位，連新竹中華大學的學士論文，也被認定抄襲而取消學士資格。
而這一次的開庭係因調查官余正煌，無端被林智堅指爲抄襲，才憤而對林提出誹謗之訴訟。 未料，同爲余正煌及林智堅台大國發所指導教授的國安局長陳明通，竟在開庭前「護短林智堅」委託律師發聲明反指調查官余正煌寄給他的研究計畫、論文，在研究設計方面大部分皆來自前新竹市長林智堅論文計畫內容。 對於身爲恩師又是頂頭上司的「陳教授+陳局長」竟然如此「睜眼説瞎話」，余正煌非常氣念，除表明，「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來！」也委託律師團發聲明駁斥。
余的律師團表示，余正煌碩士論文均是自行撰寫完成，不存在抄襲林智堅所稱「公版」的情形；林智堅所主張2016年2月1日撰寫的文字，都是余正煌撰寫後交給陳明通，但為了避免被他人抄襲，而將以APA註釋部分移除，所以林智堅所稱的「初稿」，均無任何APA註釋。
聲明並指出，陳明通今天發的聲明稿，稱「只是余正煌增加一點文獻探討，並引註」等語，純屬無稽。蓋凡寫過文章及論文者均知，一篇沒有任何註釋的文章，是不可能知悉相關文字的出處，更不可能大海撈針地把引用文章找出來，此乃常識問題，不懂身為一個教授、且貴為國安局長的人，竟然提出此種看法。
而對於陳明通一再偏袒林智堅「陷害」余正煌，令他連親人出殯的訃文都不敢具名，甚至工作受影響考績被打乙等，律師團表示，陳明通爲兩人共同的指導教授，為本案利害關係人，更事涉自身退休前擔任台大教職的正當性，應尊重台大內部調查，並靜候法院審理釐清，不應為左袒林智堅，一再書立聲明稿、透過媒體放話，而有失身為人師應有的風範格調。
再者，若陳明通主張2016年2月1日來源為陳明通撰寫的「公版」，而此「公版」整篇欠缺註釋下，身為台灣大學資深教授，豈非自認大量抄襲其他學者的著作，而未有引註，如此說法顯然荒謬至極。
另外律師團也強調，陳明通身為國安局長，在國際情勢動盪、兩岸情勢不穩，卻以私害公，為了林智堅的論文，傾全力對付余正煌，恐與身兼國安局長重責大任有違，務請三思。 對於余律師團的説法，「明通大師」則仍堅持「林智堅論文抄襲是冤案!」陳說，檢視余正煌最近向法院所提證據。
當年1月28日的論文進度，他發現在論文最核心的研究設計部分根本毫無進度，仍停留在論文寫作底稿階段。但同年2月1日林智堅的研究計畫，在他的指導下已完成雛形。他更無從、無理由將余正煌的檔案寄給林智堅，「所謂林智堅抄襲余正煌論文完全不是事實」。
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