陳前總統獲得免保釋放，特偵組16日下午提出抗告，抗告書中，檢方列舉五點理由，引用涉貪的秘魯總統藤森為例，強調陳水扁是卸任元首身份特殊，要逃亡不是不可能，而且掌握相當資源，沒有羈押、隔離訊問，對證人和其他被告會造成壓力，也可能勾串湮滅證據，檢方並罕見地建請高院自為裁定。
展現押扁決心，特偵組決定提抗告，分五大部分來陳述；第一點直接挑出，陳水扁仍有逃亡之虞，陳水扁身為卸任總統，雖然有隨扈，但沒必要24小時貼身，去年就曾獨自找黃姓命理師，檢方引用前秘魯總統藤森等例，指卸任元首掌握相當多的資源，要逃亡，不是沒有可能。
檢察官認為陳水扁沒被收押，要湮滅證據、勾串證人，輕而易舉。多次詢問機密外交竟然從3件變成56件之多，事後查證多屬偽證，而且被告或證人，被陳水扁脅迫作偽證，壓力之大，從杜麗萍甚至一度輕生，可見一斑。
另外，檢察官質疑吳景茂、蔡銘哲等被告以數百萬交保，反觀陳水扁，卻免保當庭獲釋，檢察官直言踐踏用法的比例原則。
抗告書還提到，偵辦以來，陳水扁就不斷用各種方式干擾，但法院只命令他應該在審判時到庭，著眼於形式卻忽略他可能直接或間接接觸證人或被告，而影響訴訟實質的進行。
抗告書最後，檢方罕見地建請高院自為裁定，因為若發回地院，仍將回到原合議庭、由周占春審理，改變見解可能性不大，若由高院自為裁定羈押或駁回，就形同定讞。
特偵組為押扁奮力一搏，就看是否能說服高院法官。
