起訴書22名被告當中的陳鎮慧、郭銓慶、余政憲都因為配合偵查，而且轉為污點證人，讓案情有重大突破，讓扁珍重罪得以起訴。而檢察官都是以證人保護法第14條的規定來請求免刑或從輕量刑，檢察官的理由就是他們貢獻重大。
被視為扁家大帳房的陳鎮慧，協助特偵組成功解讀扁家內帳，檢方認為貢獻重大，因此以證人保護法第14條規定，請求法官予以免刑。
陳鎮慧之所以獲求免刑，就是因為她把製作的內帳明細以及詐領的管道，全部交代清楚，而且犯罪動機是因為遵從總統以及夫人的指示，不因此有任何獲利及不法所得。
至於在南港案的部份，力拓營造負責人郭銓慶行賄扁家及官員，但他在偵查中自白犯行，並且主動提供相關事證，因而使檢察官得以追查收賄之正犯，因此也是以證人保護法第14條第1項規定，請求法官減輕或免除其刑。
而同樣在南港案因為洩露評選委員名單的內政部長余政憲，他也在偵查中自白收到吳淑珍指示，洩漏評委名單及招標資料給郭銓慶，並且對檢察官供出與案情有重要關係的事項以及其他正犯的犯罪事實，再加上所有賄款全數由吳淑珍收受，余政憲本人未拿取任何款項，因此也以證人保護法第14條第1項規定，向法官請求從輕量刑。
陳鎮慧、郭銓慶以及余政憲因為轉為污點證人，協助檢方突破案情，讓扁珍重罪得以起訴，換得檢方免刑或從輕量刑的請求，3位關鍵證人可以鬆一口氣了。
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