因為毒奶事件，前總統府副祕書長葉金川轉任衛生署長，遺缺「傳出」將由內政部政務次長賴峰偉接任。根據府方人士透露，賴峰偉的行政歷練豐富，擔任澎湖縣長8年任內執政成績名列前矛，一旦進入總統府，對中央和地方之間的協調溝通很有幫助；不過總統府也可能考慮安排，明年可能角逐縣市長的人士出任。
葉金川入閣去，總統府副秘書長誰來接？現在傳出內政部次長賴峰偉呼聲很高。前澎湖縣長賴峰偉（2005.10.27）：「只要看到有髒的地方我就罵。」
賴峰偉當過8年澎湖縣長，任內不論是施政滿意度、人民幸福指數等都名列前矛，2006年時還曾角逐高雄市長，有豐富的民選首長經驗。
除此之外，今年55歲的他，頂著留美工程管理博士的頭銜，地方行政體系出身，接掌總統府副秘書長，有助於中央與地方之間的雙向溝通。總統府發言人王郁琦：「副祕書長的人選還在徵詢中，目前還沒有確定，等到確定之後會跟大眾說明。」
據了解，除了考量即時火力支援外，府方也不排除拔擢明年想進軍縣市長的中生代，先擔任副秘書長累積知名度，目前傳出的可能名單，包括有意角逐花蓮縣長，前台北市副市長吳秀光、佈局台南縣的李全教、雲林縣的許舒博，以及台南市的高思博等人。只是要怎麼找一個馬上可以就任，又能兼具協調能力的最佳人選，馬總統還在仔細思量。
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