毒奶粉事件，衛生署長林芳郁向行政院長劉兆玄在傍晚請辭獲准，事實上，馬總統對林芳郁請辭的態度，在今天的公開活動中已經透露端倪，馬總統上午出席「連鎖加盟協會」的論壇時，主動觸及毒奶粉議題，意有所指地說，人民的不安是政府的責任，似乎對於衛生署突然決定改變檢驗標準，也無法認同。
記者：「總統，您會不會覺得，衛生署決策反覆，讓您錯愕，總統，林芳郁下台？」
不評論衛生署長林芳郁的去留，但林芳郁領軍的專案小組，處理毒奶粉事件決策反覆，總統顯然無法繼續力挺。總統馬英九：「人民的不安是政府的責任，我們政府需拿出更大的決心、更大的魄力，把食品衛生安全把關的工作做得更好。」
怎麼把關？總統宣示，從制度面下手。馬英九：「我們現存許多機制都有檢討必要，我們國內的檢驗制度，我們國內的相關的申報制度，也成為非常重要的項目。」
雖然沒明說，但總統的不滿溢於言表，畢竟前一天利用接見中華民國醫師公會的場合，才特別提醒內閣團隊上緊發條。馬英九(2008.9.24)：「我要提醒全國的公務員，人民的不安是政府的責任，人民的不安是政府的責任。」
像是怕人聽不清楚，同一句話總統刻意重複2次，當時還這麼大力稱讚人就在現場的林芳郁。馬英九(2008.9.24)：「通通都下架，我們支持衛生署做這麼大的動作，這麼有魄力的行動。」
只是沒想到，接下來衛生署的確很有魄力地來個政策急轉彎，但效果卻是讓民眾對新政府產生信心危機，總統雖然表達的含蓄，但對於林芳郁去留的態度，似乎已經有了答案。
