陸委會主委邱太三昨在立法院備詢時表示，「維護中華民國主權」是我方在與大陸做任何協商時較好的基本條件，該說法被藍營人士解讀為是向前總統馬英九的「兩岸互不承認主權」主張靠近。對此，邱太三今（24日）上午再次受訪表示，他與馬英九的說法不同，過去馬英九是「互不承認主權、互不否認治權」，這樣的說法已不足，現在兩岸應該「互相承認主權」。
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邱太三昨天在立法院備詢時，被問到我方發展兩岸關係是採用「中華民國體系」還是「台獨體系」？他坦言，這個問題相當令人困擾，不論是國際社會還是國內，對台獨的定義都不同，民進黨當年的台獨黨綱，或台灣前途決議，甚至到現在台灣民眾的思維，每個人對台獨基本定義都不太一樣。
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邱太三表示，他認為台獨這個用語太模糊、抽象了，國內應該要有共識，如果「維護中華民國主權」不算台獨的話，那我方政府跟大陸做任何協商或談判時，會是一個比較好的基本條件。
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藍營人士解讀，邱太三說法是向馬英九「兩岸互不承認主權、互不否認治權」的主張靠近，不過邱太三今早在立院受訪時強調，「我想跟馬總統不太一樣，國民黨如果在大陸應該要大膽的堅持中華民國主權，而不是互不承認主權。」
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邱太三說，維護台海和平安全穩定是兩岸雙方共同責任，如果有比較良好的互動，甚至協商，這是一個巴掌拍不響，勢必要雙方都有這樣的意願。邱太三後續補充，過去國民黨馬英九的說法是「互不承認主權、互不否認治權」已不足，應「互相承認主權」。
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