儘管總統府否認，要重新恢復國統會運作！不過綠營人士還是認為此舉不無可能，因為他們認為立法院封殺監委人事案，加深了馬總統權力危機，因此想向深藍靠攏。
陳總統提筆簽字，2006年，終止了國統會運作，2008年馬總統上任才1個半月，被外界視為親綠的平面媒體，就報導了國統會研究恢復的消息；看在獨派眼裡，簡直不敢相信！獨派大老辜寬敏：「我是看啦，他(馬總統)不敢這麼做，從兩蔣到李登輝到陳水扁，台灣社會已經有這麼大的變化，馬先生你還不看不出來嗎？」
馬總統上任時，不統不獨不武的致詞演說言猶在耳，事涉敏感的統一字眼，這讓綠營前朝官員批評馬總統，是變來變去！前陸委會主委陳明通：「馬總統在就職演說談到三不，不到1個半月左右，就把他就職宣示廢棄掉了，怎麼變得這麼快呢？台灣社會的共識達到了嗎？」
學者徐永明：「會不會是他真的在國民黨內部，遇到很大的危機，所以必須往深藍這方面這塊靠攏，來鞏固他的領導權，就從這個監委提名的事情看到，會不會他又必須回到深藍懷抱。」
綠營人士認定馬總統「傾中」，同時表達了憂慮，這回因為親綠媒體的一篇報導而加深。
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