日本巡防艦撞沉台灣漁船，海巡署已經完成調查，以傷害、毀損、業務過失等罪嫌，將日本巡防艦長堤信行函送宜蘭地檢署，不過要拘提他國官員，法界人士紛紛提出質疑；不過法務部還是重申，釣魚台確是我國領土，絕對擁有司法管轄權。
日本巡防艦撞沉台灣漁船畫面曝光後，日本方面態度轉彎，調查報告坦承，海上保安廳的巡防艦撞沉台灣漁船，日本代表15日登門向船長致意。日本交流協會代表伊藤康一(97.6.15)：「日本巡邏艦KOSHIKI方面，也有了錯誤，造成漁船的沉沒。」
同一天，我方海巡署也完成調查報告，確定日方的疏失，將日本艦長堤信行以涉嫌傷害、毀損船隻、業務過失3項罪嫌，函送法辦。宜蘭地檢署發言人：「如果有必要，當然我們會依法加以傳喚(日本艦長)。」
宜蘭地檢署考慮傳喚日本艦長堤信行到案說明，甚至將發出拘票、發布通緝，法辦日本官員，真的可行嗎？法界人士表示，台灣認為釣魚台是我國領土，日本巡防艦在我國領土內犯罪，當然可以法辦、可以通緝，但想抓人，卻顯然行不通。法務部政次黃世銘：「根據國際海洋公約規定，一國的軍艦或其他的公務船舶，在海洋上因為航行碰撞，所發生的民刑事責任，享有完全的豁免權，主要是適用在公海上，在臨海是不適用的。」
專家認為台灣司法權在日本境內無效，檢方想拘提日本艦長堤信行，很難有機會執行，加上日本和台灣沒有邦交，日方將巡防艦官員交給台灣法辦的機率，更微乎其微；釣魚台主權爭議再起，海巡署史上首次請司法介入偵辦，也間接宣告釣魚台主權，只是說得通但行不通，法辦日本艦長，恐怕淪為紙上談兵。
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