有媒體指出，海巡署和星鑑跟日本艦艇對峙時，外交部一通電話，基於不要引起外交爭議，要求海巡署「撤退」，面對爭議，外交部澄清絕對沒有要求海巡署撤退，只有請求海巡署待命，外交部也坦承雙方溝通的確有落差。
外交部到底有沒有下令，基於「不要引起外交爭議」，要求和星鑑撤退，次長親自說分明。
外交部政務次長夏立言：「在過程當中，外交部絕對沒有所謂的要海巡署的船艦『撤離』，也沒有被日本人『驅離』的事情，我們請求海巡署的船艦，能夠在當地就地『待命』，當時我們中間有一個誤差，那就是我們不知道船艦已經進入12海浬的海域，而且他們（和星艦）也了解到人已經被日本的船艦救起，被送到石垣島，而且船艦也看到聯合號已經沉沒，在這種情況之下，他們（和星艦）自己也評估，認為任務也完成，所以他們決定離開那個水域。」
外交部責任劃分，認為是海巡當下的自行判斷，海巡署又怎麼說？海巡署海洋總局長林福安：「剛才次長說的都是事實。」
不過外交部也坦承，雙方確實有溝通落差。夏立言：「如果有任何缺點缺陷的話，就是我們跟海巡署之間的溝通，是出現一點落差，我們當時並不知道，這個船艦已經進入12海浬。」
至於救援過程，外交部也強調絕對沒有少盡一份力。夏立言：「所以我們希望透過外交的途徑，能夠把這件事情能夠所有證據盡快搜到，來解決相關的爭議，我們不認為如果事件把它複雜化，雙方有任何的幫助。」
一通電話的認知落差，讓外交部差點成為眾矢之的，外交部強力澄清，就怕被外界認為是縮頭部門。
