因為馬英九的特別費案，祕書余文被判刑1年定讞，就在6月13日，余文就得入監服刑，而他低調表示，還不知道這個消息，只能尊重司法判決；由於余文的兩個女兒都相當年幼，才在唸幼稚園，因此余文說，不打算讓孩子知道自己要去坐牢了。
就在6月13日，前台北市政府祕書余文就要入監服刑，對於這個消息，他說坦然接受。前台北市府秘書余文：「我還沒看到通知，法院的部份我尊重啦，不便去評論。」記者：「馬總統已經當總統了，您有沒有希望他大赦？」余文：「我有很高的期望，可是這不是我們能夠一廂情願的想法。」
明明在家的余文，低調不願露面，原因就是不想讓2個，分別唸小一和幼稚園的女兒知道，爸爸就要因為坐牢，而不在家整整1年。記者：「她知道了嗎？」余文：「不知道。」記者：「您打算什麼時候再跟她說？」余文：「這是我自己做的，我自己承擔，我不會說。」
因為馬英九的特別費案，余文成了唯一被判刑的人，而且雪上加霜的是，檢方在判決書中發現，余文還有以他人發票5張核銷市長單據的特別費，又再涉及偽造文書，準瀆職罪和公務員登載不實等3項罪名，已經簽分被告另行偵辦。余文：「這一部份，我還是請去問律師好了。」
馬總統上任，競選口號：準備好了，每個人幾乎朗朗上口，只是沒想到，這句口號對余文來說，卻是即將坐牢，準備好了。
